故事講述一種奇怪的病毒破解了人類的基因碼，能把人類轉(zhuǎn)變成破壞力十足的怪物。駒田和越谷這兩個(gè)教授追蹤并銷毀這種病毒。他們當(dāng)中的一個(gè)已經(jīng)感染了病毒，并且每天都在擴(kuò)散。同時(shí)，一個(gè)怪物盤踞在東京街頭，撕開年輕女人的腹部吃她們的肝臟。一個(gè)有名的通靈人知道這個(gè)怪物的秘密身份?，F(xiàn)在，駒田和越谷必須搭救通靈人和他美麗的女兒

「魔法少女――それは強(qiáng)くて、格好良くて、しなやかで。誰(shuí)もが憧れて、高給取りで、人気が高い、立派なひとつの職業(yè)だ」　　內(nèi)定がもらえず就職活動(dòng)に苦戦中の女子大生?桜木カナ。　　「自分は社會(huì)に必要とされていない」と自信を喪失していた彼女は、　　ある日、面接先で“怪異”と呼ばれる自然災(zāi)害に巻き込まれてしまう?！　·饯胃F地を救ってくれたのは、ヤンキー気質(zhì)の魔法少女?越谷仁美――?！　〕证燎挨斡洃浟Δ?、“怪異”と戦う越谷を手助けしたカナは、　　魔法少女としての才能を見出され、ベンチャー企業(yè)?株式會(huì)社マジルミエに新卒入社！　　人の命と仕事への責(zé)任を胸に抱き、社會(huì)人として、そして魔法少女としての一歩を踏み出すのだった――

在一個(gè)遠(yuǎn)離都市喧囂、為青山綠水所環(huán)繞的鄉(xiāng)村，當(dāng)?shù)氐男袂鸱中H有四名學(xué)生。越谷家的兄妹三人，分別是中三的卓、中二的小鞠（阿澄佳奈 配音）和中一的越谷夏海（佐倉(cāng)綾音 配音），另有宮內(nèi)家的小女兒小一的蓮華（小巖井ことり 配音）。蓮華的姐姐一穗（名冢佳織 配音）是分校的唯一教師，因?qū)W生稀少，因此四人和在一個(gè)班，日常課程也全部以自習(xí)為主。在某個(gè)晴朗時(shí)節(jié)，正讀五年級(jí)的東京女孩一條螢（村川梨衣 配音）因父母工作的關(guān)系搬到旭丘。對(duì)喧嘩吵鬧的都市節(jié)奏習(xí)以為常，風(fēng)格迥異的鄉(xiāng)村生活帶給螢螢前所未有的新奇體驗(yàn)。雖然有著諸多不便，但在這個(gè)時(shí)間仿佛凝滯的所在，悠然自得的好心情慢慢升起……　　本片根據(jù)あっと的同名漫畫改編。

埼玉縣，新越谷高校。這年春天入學(xué)的武田詠深，在那里與兒時(shí)好友的山崎珠姬重逢。中學(xué)時(shí)代，由于沒有捕手能接住詠深的球，因此她那激烈變化的“魔球”無(wú)法投出，于是中途放棄了棒球。但在強(qiáng)豪隊(duì)伍中磨練了實(shí)力的珠姬，成功地接下了詠深的變化球。實(shí)現(xiàn)了幼時(shí)的約定，再次相遇的兩人，與同班的川口姐妹及其他同伴們一起讓停止活動(dòng)中的棒球部復(fù)活。目標(biāo)是全國(guó)！新生·新越谷高校棒球部的挑戰(zhàn)從這里開始——